Вездесущий в гродненской истории Стефан Баторий перестроил храм в камне. Не лично, конечно - поручил это голландскому мастеру Антонию де Гротта (встречается славянофицированный вариант написания - Дигреп). Проект разработал архитектор Санти Гуччи.
Новое здание представляло собой трехнефный храм в ренессансном стиле. С четырёхярусной прямоугольной в плане башней-колокольней с фигурным куполом. Боковые стены укреплялись контрфорсами, объединявшимися в верхней части аркадой. К моменту завершения строительства в 1586 г. он стал самым большим храмом на территории нынешней Беларуси.
В этом же храме первоначально и упокоились останки Стефана Батория.
Реконструкция продолжалась с 1804 по 1807 г. 7 августа церковь освятили во имя Софии - Премудрости Божьей. С южной стороны появился тёплый придел с престолом во имя Святителя и Чудотворца Николая. Высотой он примерно в половину уступал основному зданию.
Освящение собора после реставрации совершил 28 марта 1899 года преосвященный Иоаким епископ Брестский.
Если колокола костела Святого Франциска Ксаверия отправились Первую мировую в Германию, то имущество Софийского собора вывезли в Москву.
В 1919 г., с приходом поляков, храм возвращён католикам и перестроен в неоготическом стиле (в ходе двух реконструкций в 1923 и 1936 г.г.). Служил он при этом гарнизонным храмом.
После войны в здании размещались различные организации (ДОСАРМ, Заготлён, Автотракторсбыт, Горпищепромторг, Главобувьсбыт, Универмаг, ДОСАФ, тонкосуконный комбинат). Разрабатывались проекты переоборудования в кинотеатр и Дом физкультуры. Но 8 марта 1961 г. властями города принимается решение разрушить храм в связи с тем, что он на вписывался в новый генеральный план города.
29 ноября 1961 года Фару Витовта взорвали
P.S. Пишут, что наименование "фарный" перекочевало к базилике иезуитов в конце XVIII века, когда сама Фара стояла погорелыми руинами. Но более вероятным является представляется, что это произошло после 1820 года, когда орден Исуса был изгнан из России.